由区政府（管委会）编制城市有机更新实施计划，确定项目实施边界和规模、房屋征收与协议搬迁实施主体、投融资模式、进度安排等内容，在完成项目区域内房屋征收及协议搬迁补偿形成“净地”后，由区政府（管委会）采取公开方式依法确定土地使用权人。具体程序如下。
     （1）编制项目实施方案
      各区政府（管委会）按照城市有机更新专项规划和实施计划，科学编制具体项目实施方案，划定项目实施边界范围，明确房屋搬迁和土地整理总成本、不可预见费用等，依法确定房屋征收与协议搬迁实施主体。项目实施方案经市住建局审查后，由各区政府（管委会）组织实施。
     （2）编制土地出让方案
      由各区政府（管委会）完成项目区域内房屋征收及协议搬迁补偿，形成“净地”后，精细编制土地出让方案。
      一是明确上市宗地出让条件。由区政府（管委会）提出拟供宗地产业、规划、建设以及违约处置约定等出让条件。
      二是合理确定出让起始价。在符合法律法规的前提下，综合项目搬迁补偿成本、片区土地整理总成本、市级财政计提费用、所在区域用途基准地价等因素合理确定土地出让起始价。
      三是提出项目开发建设方案。为规范高效推进城市有机更新项目实施，区政府（管委会）可提出项目开发、建设、设计以及运营管理等要求，形成项目开发建设方案，涉及保留建筑的还应将保留建筑整体保护方案一并纳入土地出让方案。
     （3）依法确定土地使用权人
      区政府（管委会）依据经批准的土地出让方案，采取招标、拍卖、挂牌等方式公开确定土地使用者。土地使用者应在宗地成交后5个工作日内与区政府（管委会）签订《国有建设用地项目履约协议书》，并在规定时限内与规划和自然资源主管部门签订《国有建设用地使用权出让合同》。
      3．支持措施
      一是土地出让起始价可按不低于项目区域内房屋搬迁补偿、片区土地整理总成本与财政计提费用之和确定。其中，五城区土地出让价款市级财政按6.6%计提，五城区范围外的区域由当地财政按规定计提相关费用。